لتنظيم المؤتمر أهداف متعددة من أهمها:
- المساهمة في ضبط حقيقة علم المقاصد ومفاهيمه وآلية الاستدلال بالمقاصد على الأحكام الشرعية.
- إبراز أثر علم المقاصد في الفقه بأنواعه وعلاقته بضوابط الفتوى.
- توجيه المؤسسات الأكاديمية والمجتمعية لخدمة المقاصد الشرعية والاستفادة منها.
- الخروج بتوصـيات لوضع ضوابط لتحديد معالم المقاصد في ضوء التحولات المعاصـرة.